“机械制造及自动化系”随同“长春汽车拖拉机学院”创建于1955年（“机械制造工艺及设备”专业），是由上海交通大学、原华中工学院、原山东工学院等院校的相关专业组合而成，是原吉林工业大学最早建立的专业之一，同年招收第一批研究生。1981年在全国首批获硕士学位授予权，1987年被评为机械工业部首批重点学科，1990年获博士学位授予权，1993年被评为吉林省首批重点学科，1998年获机械工程一级学科博士学位授予权，并设有博士后流动站。2007年机械制造及其自动化学科被评为国家二级重点学科，是国家211工程、985工程和双一流学科群重点建设学科。建有包括数控装备可靠性教育部重点实验室等7个省部级科研创新平台。
本系现有专职教师37人，工程技术人员15人，鼎新学者5人。校内双聘院士1人，校外双聘院士2人。专职教师中有教授18人（其中博士生导师13人），副教授17人（其中博士生导师8人），讲师2人。拥有吉林省优秀教学团队1个。国家“万人计划”入选专家1人，国家杰出青年基金获得者1人，国务院政府特殊津贴获得者3人，国家“重大人才工程”特聘教授1人、青年人才2人，教育部新世纪优秀人才1人，中国科协“青年人才托举工程”项目2人，吉林省首批长白山学者特聘教授1人，吉林省长白山青年拔尖人才1人，吉林省拔尖创新人才3人，吉林省青年科技人才托举工程入选者1人，吉林大学“唐敖庆学者”卓越教授2人、领军教授3人、英才教授3人。近年来引进归国人员4人，教师半数以上教师有出国进修、合作研究的经历。
机械制造及自动化系有着学风严谨、教师敬业、学生勤以致学的优良传统，建系以来共培养本科生、硕士生、博士生万余名，他们大部分成为中国机械工业领域的技术骨干和中坚力量，杰出代表有中国科学院院士、985高校校长。依托“211工程”“985工程”和“双一流”建设平台，机械制造及自动化系的科学研究水平不断提高，近十年，承担国家科技重大专项、国家重大科学仪器开发专项、国家重点研发计划、国家自然科学基金等各类科研项目200余项，发表论文1000余篇，主编国家级规划教材2部，获得授权发明专利300余件，获国家级、省部级奖励10余项。
本系主要研究方向有数控装备可靠性技术、材料服役性能测试技术与智能装备、智能极端制造、机电与测控技术、自动控制及检测技术等。
机械制造系自创建以来，为了保证和促进教学质量，提高发展科学研究水平，十分重视实验装备与技术的建设。实验室现有正高级工程师1人、高级工程师6人、工程师6人。建有生产实习基地和虚拟实验教学平台，拥有超精密车床、高速加工中心、高精度三坐标测量机、激光表面粗糙度测量仪、五轴加工中心、数控机床、特种加工设备、机械制造先进测控系统等先进的科学仪器设备，为本科生、研究生的培养和教师的科研工作提供了充足的硬件条件。